Η κατανόηση της φορολογικής έδρας για eshop που λειτουργεί καλά για ένα ηλεκτρονικό κατάστημα μπορεί να είναι χρήσιμη, αλλά είναι μια κατάσταση που είναι γεμάτη με πολλούς σημαντικούς κινδύνους, εξ ου και η ανάγκη για προσεκτική ανάλυση. Ένας μεγάλος αριθμός φορολογικών και νομικών κανόνων σχετικά με τέτοιους τύπους επιχειρήσεων διαφέρει από τον συνήθη τρόπο επιχειρηματικής δραστηριότητας. Έτσι, μέσα σε αυτό το πλαίσιο το θέμα της επιλογής φορολογικής έδρας γίνεται πολύ κρίσιμο σε σχέση με το τι σημαίνει θετικά αποτελέσματα.
Ένα άλλο σημαντικό πρόβλημα είναι ο τεράστιος όγκος και η πολυπλοκότητα των εθνικών φορολογικών νόμων, ειδικά εάν το ηλεκτρονικό κατάστημα φιλοξενεί πελάτες σε διάφορα διεθνή σύνορα. Η οικονομική αποδοτικότητα και το κόστος συμμόρφωσης μπορούν να αυξηθούν ως αποτέλεσμα της συνολικής επίδρασης διαφορετικών ή μεταβαλλόμενων φορολογικών απαιτήσεων καθώς και των συντελεστών ΦΠΑ σε σχέση με κάθε χώρα. Για παράδειγμα, ένα ηλεκτρονικό κατάστημα που έχει πελάτες σε περισσότερες από μία χώρες της Ευρωπαϊκής Ένωσης θα πρέπει να αναλογιστεί τον ΦΠΑ στον προορισμό. Η σωστή εισαγωγή και χειρισμός τέτοιων πληροφοριών ενδέχεται να απαιτήσει τη χρήση εξελιγμένων λογιστικών συστημάτων και τη συνεργασία με φοροτεχνικούς.
Επίσης, τα προβλήματα στην επιλογή μιας περιοχής ως έδρας μπορεί να περιλαμβάνουν την αστάθεια στη νομική ανάπτυξη που σχετίζεται με την παροχή ορισμένων υπηρεσιών. Σε ορισμένα έθνη, οι αλλαγές στη φορολογική νομοθεσία είναι γρήγορες και κάθε μακροπρόθεσμος επιχειρηματικός σχεδιασμός καθίσταται ακατάλληλος. Αυτό μπορεί να βλάψει την ακρίβεια των οικονομικών προβλέψεων και να απαιτήσει την πραγματοποίηση συχνών αλλαγών.
Επιπλέον, ανάλογα με το πώς και πού βρίσκεται η έδρα της εταιρείας, μπορεί να προκύψουν άλλα προβλήματα όπως τελωνειακές και εμπορικές επιβολές. Οι πωλήσεις διεθνώς μέσω ηλεκτρονικού εμπορίου μπορούν να οδηγήσουν σε αυξημένο κόστος για τα τελωνεία και τις χρεώσεις αποθήκευσης, ενώ μπορεί επίσης να υπάρξουν κάποιες καθυστερήσεις στην παράδοση του προϊόντος που θα αποτρέψουν τους πελάτες.
Συμπερασματικά, μπορεί να υπάρξει μια άλλη μεγάλη πρόκληση για τη διαπραγμάτευση των τοπικών νομικών καθεστώτων και των διεθνών νόμων περί προστασίας δεδομένων, όπως ο Γενικός Κανονισμός για την Προστασία Δεδομένων. Οποιαδήποτε ομαλή λειτουργία της επιχείρησης, συμπεριλαμβανομένης της κάθε πτυχής συμμόρφωσής της, ενδέχεται να μην είναι δυνατή χωρίς τη διάθεση των πόρων που εκτρέπονται σωστά τόσο στο νομικό όσο και στο αντίστοιχο τεχνικό προσωπικό.